聖經上記載善牧耶穌的話說：「我認識我的羊，我的羊也認識我……」同樣，聖方濟各也是一位善牧，他因著天主的特寵神光，也認識他的群羊──眾修士的聖德與缺失；因此，他領導修士們修德性、改毛病所用的方法，無不至極神妙而有效。他依照他在神視中所見到的諸般現象，對於驕傲者加以貶抑，對於謙遜者予以褒揚；對於改正毛病，推進德行等等，皆無不恰到好處。
有一次聖方濟各和幾位修士，坐談天主與人靈的事理，但路費諾修士卻在深林中與主心心相印地祈禱，不曾參加討論。當他們正在討論的時候，他剛好從林中出來，踏著距離他們不遠的一條小徑走了過去。聖方濟各看見他過去了，遂向在座的修士提出一個問題說：「你們想，天主在現世上所有的聖人，誰是最聖的？」他們異口同聲地答道：「我們想，最大的聖人就是你自己。」「最敬愛的弟兄們，」聖方濟各說：「論我自己，我實在是世人中最卑賤不堪的一個；但是天主已經默啓了我，在這現世上有三位最大的聖人，其中之一就是剛從深林中出來，又走了過去的路費諾修士；他的靈魂已堅定於天主的聖寵，而且吾主耶穌已親自祝聖了他，將他列入天上聖人的名額中了；為此，我也老實地告訴你們，在路費諾還活著的現在，我敢毫無懷疑地稱他聖人路費諾。」──不過，聖方濟各當著路費諾的面，總沒有這樣稱呼過他。
聖方濟各不但能知道人靈魂上的聖德，同樣，也能透視人靈魂上的隱惡。例如：他曾多次為了厄利亞修士的驕傲而責斥他。當若望．賈百利修士，一次因為不肯聽命而受上司責備時，聖人曾看見魔鬼緊緊地扼著他的咽喉；因此，他預言他將要自縊而死。後來，這預言果然應驗在若望．賈百利的身上。至於其他修士心靈中的隱情密事，都沒有逃過聖方濟各的透視。他賴著天主的神光默照，對於修士們內在的一切情形，完全瞭如指掌。
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